После перезда с apache+nginx на nginx+php-fpm не могу разобраться с редиректами

Текущий конфиг:

server {
listen 80;
server_name domain.com;
root /var/www/domain.com;
index index.php;

autoindex off;

location / {
try_files $uri $uri/ /index.php =404;
}

location ~ \.php$ {
try_files $uri =404;
root /var/www/domain.com/;
fastcgi_pass unix:/var/run/php5-fpm.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
include /etc/nginx/fastcgi_params;
}

location = /favicon.ico {
log_not_found off;
access_log off;
}

location = /robots.txt {
allow all;
log_not_found off;
access_log off;
}

location ~ \.(ht|inc|sql|bak|ini|tdata|sdata|addonpk)$ {
deny all;
}
}

Что происходит:
http://domain.com/ Все отрабатывает
http://domain.com/plagiarism-checker Скачивается php файл
http://domain.com/index.php?route=plagiarism-check... Все отрабатывает

Редиректы в .htaccess

Options +FollowSymLinks
Options -Indexes
RewriteEngine on
RewriteBase /

<FilesMatch "\.(inc|sql|bak|ini|tdata|sdata|addonpk)$">
Deny from all
</FilesMatch>

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^.*/index\.php
RewriteRule ^(.*)index.php$ /$1 [R=301,L]
</IfModule>

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)/(.*)$ index.php?route=$1/$2 [L]
</IfModule>

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?route=$1 [L]
</IfModule>

Оплата на Яндекс Деньги.