необходимо написать bash скрипт который будет принимать параметр в виде пути до папки и путь сохранения
например ./script.sh /opt/srcfolder /opt/dstfolder

в папке /opt/srcfolder необходимо рекурсивно посчитать md5 суммы файлов, затем все записать в файл manifest.json c добавление пути к файлу, исходя из того что корень пути будет папка /opt/srcfolder

например в папке /opt/srcfolder лежит файл qwe.qwe и файл в папке folder1, qwe.qwe
выглядеть будет вот так

[
{filepath: "qwe.qwe",md5sum: "ce12f57394445a34cf5d83868ac67e1a" },
{filepath: "folder1/qwe.qwe",md5sum: "f5dbafc40e3726c019886d76371e94d1" },
]

далее необходимо все содержимое папки /opt/srcfolder + файл manifest.json упаковать в zip архив с именем файла UPDATE_MMDDYY_MD5SUM (MD5SUM заменить на реальную чексумму полученного zip архива) и переместить в папку /opt/dstfolder и после этого очистить содержимое папки /opt/srcfolder