Представьте, есть сайт, есть вкладка пополнение. Пользователь выбирает WebMoney, вводит сумму и нажимает пополнить, для него генерируется страница с:
- Номером WebMoney
- Суммой (которую он и указал)
- Комментарий к платежу(генерируется)

И кнопка "Проверить". Соответственно, при нажатии кнопки проверить, данные (сумма, комментарий) передаются в PHP-скрипт, который в самом кошельке Webmoney проверяет, пришел ли платеж на $сумму с $комментарием, если да => пополняем баланс; если нет => выводим ошибку