Необходимо написать бутлодер, который будет перепрошивать самого себя байтами, которые примет по usb (виртуальный com-порт).
Для временного хранилища будет использоваться внешняя флеш-память w25q64.
Программа должна посчитать контрольную сумму основной прошивки, лежащей в мк и сравнить с суммой, которая лежит в конце прошивки. Если сходится - перейти к исполнению основной программы. Если же не сошлось - перейти в режим ожидания прошивки от usb. По команде принять все байты, записать их во внешнюю флеш, сравнить crc и перепрошить микроконтроллер.

Желательно, но не обязательно писать код в Keil.
Можем использовать безопасную сделку.