Подняли сервер, установили bitrix virtual env, всё работало до того момента пока не пришлось удалить тестовый каталог - mysql начал загружать весь процессор, причем никаких медленных запросов мы не нашли, не помогал ни рестарт сервиса, ни сервера.

В общем надо разобраться с этой проблемой и дать консультации по оптимизации.