При захвате FFmpeg на выходе видео имеет высокую скорость как будто при быстрой перемотке, при этом если скопировать файл в систему и проверить в своиствах fps в норме.
Игра с -r не дала какого либо результата.

https://yadi.sk/i/NYaTBj7egeZkkg пример.
В приложении параметры запуска.