На сайте WooCommerce нужна возможность изменять цену товара в корзине в зависимости от выбранного способа оплаты. У каждого товара и вариации задаются несколько цен. В каком-то конфигурационном файле задаются соответствия между ценой и способом оплаты.

Обратите внимание - это должна быть не какая-то скидка в корзине, а именно подтягиваться какая-то конкретная цена, в том числе и для вариаций. Цены сейчас добавляются с помощью модуля, который позволяет создавать каждому товару несколько цен, но можем перестроиться под любой вариант хранения этих цен для каждого товара, который позволит менять цену в зависимости от способа оплаты.

Если при выборе способа оплаты меняется цена товара, то соответственно должны пересчитываться все суммы в корзине, а так же эта измененная цена сохраняться в заказе, попадать в письма, отправляемые пользователю.