Имеются текстовые файлы в различных кодировках, состоят из строк, формата "мейл:'строка символов'" (разделитель всегда ":").
Файлы на локальной машине в двух каталогах: "NAME", "NONAME".

База sql (на VPS) - планируется одна таблица, три поля: "мейл", "строка", "ресурс".

Локальный каталог "NAME" содержит подкаталоги, с именами формата "имя_сайта.xxx <куча других символов>".
В подкаталогах - другие каталоги и текстовые файлы.
При импорте в БД записей из всех файлов из всех подкаталогов из каталога "имя_сайта.xxx <куча других символов>" в поле БД "ресурс" нужно записать имя_сайта.xxx.

При импорте записей в БД из всех файлов из всех подкаталогов из локального каталога "NONAME" поле БД "ресурс" остается пустым.

Такую организацию БД я вижу, но сам не специалист, прислушаюсь к компетентному совету. Может грамотнее отдельную таблицу с "имя_сайта.xxx".

Ориентировочно в базе будет 3 миллиарда записей.
Выбор sql - на ваше усмотрение.

При обработке файлов проверять, является ли мейл в строке корректным. Корректные добавлять в БД, некорректные - просто пропускать.