Проанализировать .fastq файлы с Illumina

Цена договорная
28 января 2022, 18:02 • 0 откликов • 14 просмотров
Добрый день!
В рамках микробиологического проекта были собраны биологические образцы, которые в дальнейшем были проанализированы на Illumina с целью метагеномного анализа (образцы с заведомо низкой микробиологической нагрузкой). Есть выходные данные, выгруженные с Illumina.
Текущая загвоздка заключается в следующем: видимо из-за того, что баркоды были некорректно указаны, программа неправильно разделили Риды по образцам. Как итог, почти все файлы образцов пустые, а большинство Ридов остались неопределенными. В качестве решения - перезапустить программу-анализатор (Illumina MiSeqReported) и правильными бардами, чтобы Риды были разбиты по образцам. И, как следующий этап, проанализировать полученные данные.