1. Сейчас в ПО новый формат - это формат с ноября 2022. Старый формат - то, что было ранее, до этого. Отказываемся от конвертирования старого формата, того, что было до ноября 2022. Соответственно, настройки .newformat=1 будут относиться к выгрузкам, с 1 октября, .newformat=0 - к текущим форматам. Все это нужно поменять в CsvConverter#convertCsvNew при обработке файлов.
2. Сделать обработку файла на основе BodyConvertorCb и HeaderConvertorCb. Файл с использованием BodyConvertorCb конвертируется 1 раз. Потом к файлу добавляются заголовки из HeaderConvertorCb (тут будет разница только в настройках) и уже пишутся файлы для каждого включенного БКИ со своим заголовком.
3. Можно попробовать подключить для проверки схему данных, взять из архива в задаче, можно пока этого не делать.
4. При конвертировании данных надо попытаться отсортировать сначала ФЛ, а затем ЮЛ, можно это сделать сразу при чтении файла. Можно попробовать это переложить на заказчиков, по крайней мере если не будем успевать

Детали расскажу при личном общении.

Сервис на Java.