Предварительный список задач.

1. Не настроен брандмауэр. Открывает сервер для всех видов сканирования
и атак на известные уязвимости.
2. root может входить по SSH по паролю по стандартному порту
(небезопасная конфигурация).
3. Отсутствует сканирование системы антивирусами/фильтрами malware
(rkhunter, clamav), не ведётся обнаружение возможных вторжений
(logwatch, tripwire и т.п.).
4. Не настроено создание и периодическое сохранение резервных копий сайта/БД на внешних носителях.
5. Временный каталог Web-сервера содержит слишком много файлов, это отрицательно влияет на производительность сервера.

Список предварительный, также требуются консультации, возможно что еще сделать стоит.