Из панели управления хостингом подключится через аварийную систему и заново настроить виртуальный сервер через панели управления.
Восстановить работу сайтов на момент последней резервной копии базы, а сами файлы сайтов вытянуть актуальные. Настроить кэширование, сжатие, проверить на вирусы и что еще надо для производительной работы сайтов.