Образование
Специальность: Врач-лечебник
Учреждение: Новосибирский государственный университет, Институт медицины и психологии им. Зельмана '22

Навыки

• Биоинформатика: GATK, SAMtools, BEDtools, BWA, Bowtie2, HISAT2, Cutadapt, Juicer, Cooler
• Разработка: Python, C, C++, PHP, JavaScript, TeX
• Системное администрирование: Linux (Ubuntu, Debian), Bash, SSH, PuTTY, Git, Nginx, Lighttpd, Apache, Squid
• Информационная безопасность: TAILS, Tor, Privoxy, GnuPG, eCryptFS
• Фронтенд: HTML5, CSS3, WordPress, PureCSS, Primer, Tabulator
• Языки: английский, немецкий (начинающий), китайский (начинающий)

Опыт работы
Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск - с июня 2019 года.

• Научные исследования в области генетики, молекулярной биологии и биоинформатики;
• Обработка, контроль качества и интерпретация данных секвенирования нового поколения (WGS, WES, ChIP‐seq, Hi‐C, Exo‐C);
• Администрирование лабораторного вычислительного сервера;
• Разработка сайтов для лабораторных проектов;
• Разработка биоинформационных инструментов.

Статьи

1. Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A.M., Teif, V.B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., Fishman, V., 2022. 3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkac396
2. Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V., 2021. A cookbook for DNase Hi‐C. Epigenetics & Chromatin. https://doi.org/10.1186/s13072‐021‐00389‐5
3. Shakhtshneider, E., Ivanoshchuk, D., Timoshchenko, O., Orlov, P., Semaev, S., Valeev, E., Goonko, A., Ladygina, N., Voevoda, M., 2021. Analysis of Rare Variants in Genes Related to Lipid Metabolism in Patients with Familial Hypercholesterolemia in Western Siberia (Russia). JPM. https://doi.org/10.3390/jpm11111232